（一）法律规范的原则性、滞后性与审判实践的可操作性之间的冲突
民法通则第八十三条只规定了处理不动产相邻关系的一般原则，新实施的我国物权法虽对相邻关系进行了细化，为法律的适用提供了依据。但审判实践中如何在相邻关系纠纷的当事人之间寻求衡平，如何把握不动产权利人行使所有权或使用权时应予“限制”和“扩张”的度，成为审理此类案件的一个难点。由于法律法规的缺失致使法官在裁判时缺乏相应的参照标准，容易造成尺度不一，裁判结果也往往难以使当事人心服口报。此外，当当事人以地役权、建筑物区分所有权或物业管理合同等民事法律关系提起相邻关系的诉请时，是适用侵权、违约的法律规定，还是适用相邻关系的法律规定？特别是当某种行为构成侵权或违约，但属于相邻方“容忍义务”之范围时，应如何适用法律？
（二）行政法律规范与民事法律规范之间的冲突
从行政法律关系角度讲，建设方进行建设施工经过行政主管机关的规划许可，其所实施的行为具备合法手续，属于依法成立的范畴；而从民事法律关系角度看，建设方的建设施工行为，确实在不同程度上给相邻方造成了采光妨害、不可量物侵害、财产损害等，有的妨碍（如采光妨害）如果不对建筑物进行改造或拆除，就不会消除，相邻方要求停止侵害、排除妨碍，有其合理性和法律依据；但从社会价值和法律效果的角度看，停止施工，拆除建筑物所带来的后果不仅是巨大的经济代价和众多善意第三人利益的损失，而且与行政机关作出的行政审批行为相矛盾。在这种情况下，特别在是当事人未经行政诉讼而提起民事诉讼时，法官应如何适用法律？
（三）诉讼程序公正与实体公正难以有机统一
最高人民法院提出“公正与效率”的世纪主题，但在审理相邻关系纠纷案件时，二者往往难以做到有机统一。如有些案件当事人争议标的损害程度轻微，而鉴定费用则需花费几千元甚至更多，且有的鉴定结论只能证明损害原因或者损害结果，却不能证明该原因与被告行为之间的因果关系，所出的鉴定结论没有多大意义，不仅延长了案件的审理周期，同时还增加了诉讼成本；而有些鉴定还需要向鉴定机构提供相关的材料，进行现场勘察，一方当事人不予配合，给法院顺利审结案件带来了障碍。
（四）群体性诉讼中权衡利益的司法难题
群体性诉讼社会影响大，当事人对峙程度深、矛盾难以协调。如何协调程序公正和实体公正的关系，如何把握法律效果和社会效果的统一，就成为审理此类纠纷的难点。审判工作中主要表现为：1、追求公平与正义的司法价值与服从当地经济建设大局之间的两难选择；2、群体一方片面的司法公正观念与司法固有的审判规律之间的冲突难以调和。群体一方往往以裁判结果是否胜诉作为衡量司法是否公正的统一标准，而不考虑司法运行中诸如程序欠缺、证据失权等，也会导致败诉等固有的审判规律运行结果；3、司法权的有限性与群体诉讼一方目的的多样性存在落差。有些群体性纠纷中的群体一方向法院起诉寻求公平与正义的背后，实质是寻求社会资源的重新配置，获取诉讼请求之外的更大利益。
（五）相邻权诉讼时效认识不同
《民法通则》和《物权法》对相邻权的诉讼时效未作规定，《民法通则》在第141条规定：“法律对诉讼时效另有规定，依照法律规定。”因而在审判实务中对相邻权纠纷是否适用诉讼时效规定，存在不同认识，一种观点认为，相邻权关系是一种与一定事实关系或法律关系相始终的权利，不适用诉讼时效的规定；另一种观点认为，相邻权是一种请求权应适用诉讼时效的规定,从而导致在审判实践中，基于认识的不同而做出了不同的裁决，影响了法律适用的统一性。
（六）物权请求权与侵权请求权竞合的法律如何适用
如前如述相邻关系纠纷存在物权请求权与侵权请求权的竞合问题。不同的请求权有不同的特点，如何向当事人释明请求权，当事人基于不同的请求权提起诉讼，法律如何适用也是相邻关系纠纷案件审理中常遇到的疑难问题。
（七）相邻关系纠纷举证责任的分配问题
原则上，请求法院判令相邻关系人承担相邻关系民事责任的一方当事人系基于侵权请求主张相邻义务人承担民事责任的，故相应的侵权请求权的成立与否，应由主张相邻民事责任的相邻权利人负担举证责任。但是侵害相邻关系的侵权行为形式和内容的多样性以及诉讼过程发展的变化，在个案中，法官如何对举证责任进行分配及释明，在司法实务中亦是一个难题。
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